A is filled in B

문법적으로 "A is filled in B"는 안됩니다.

위와같은 예를 보시면 A는 무슨 액체이고, B는 무슨 컨테이너 일것같아요.

영어로 "fill"은 타동사인데 목적어는 B(컨테이너)여야됩니다. 그래서 "B is filled with A" 맞습니다.